22 de marzo de 2020

CORONAVIRUS. Superordenadores contra el Covid-19

La enorme capacidad de cómputo de estos equipos permite a los investigadores acelerar la búsqueda de fármacos contra el virus y abordar complejos estudios de genoma para entender mejor la enfermedad.
Cuando pensamos en los científicos que están buscando un tratamiento para el coronavirus nos imaginamos investigadores enfundados en trajes de protección trabajando en laboratorios. Y es correcto. Pero hay mucho más detrás. La investigación farmacológica sería imposible sin el poder de la supercomputación. Y ahora, cuando se trabaja contra el crono, estos grandes ordenadores se han convertido en un aliado indispensable de los científicos.
En estas máquinas con enorme potencia de cálculo se pueden hacer simulaciones que acortan a semanas el plazos de investigaciones que antes duraban meses. "Nosotros no vamos a curar el coronavirus, pero sin nuestra labor la investigación sería mucho más lenta y compleja", resume Alfonso Valencia, director del Departamento de Ciencias de la Vida del Barcelona Supercomputing Center. Aquí se aloja el MareNostrum, el mayor de estos ordenadores en España, cuya potencia está al servicio de varios proyectos enmarcados en la batalla que se libra frente al coronavirus.
"Desde hace años, algunos científicos llevan a cabo experimentos con ordenadores donde se simulan las características de todo tipo de células/organismos o, por ejemplo, de un virus", dice Juan De Zuriarrain Perez-Urruti, experto en supercomputación de IBM. La idea es reproducir el virus, o parte de él, y ver cómo lo combaten distintas simulaciones de combinaciones químicas, que podrían llegar a convertirse en medicamentos.
"Esta forma de trabajo se conoce como la experimentación in silicio y utiliza supercomputadores que comprueban el funcionamiento de millones de compuestos químicos hasta dar con uno válido, en plazos de tiempo imposibles de alcanzar con la experimentación manual", ahonda Juan De Zuriarrain.
En España, estos superordenadores se están utilizando en investigaciones para encontrar un tratamiento para el coronavirus. No sólo el Marenostrum. El Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, perteneciente a la Universidad Autónoma de Madrid y al Consejo Superior de Investigación Científicas, también trabaja en esta línea. Mediante simulación en el superordenador IBM Power 9, los biotecnólogos del centro están analizando la posible validez de diferentes moléculas de fármacos ya en el mercado. "Este equipo nos ha permitido multiplicar por diez la capacidad computacional del laboratorio, abordando experimentos que antes no podíamos plantear", explica Paulino Gómez-Puertas, científico del Severo Ochoa.
ASÍ FUNCIONA
La tecnología les permite simular una copia exacta tridimensional de la proteasa, una proteína que puede ser clave a la hora de dar con un tratamiento, puesto que ya se ha demostrado ser diana terapéutica, por ejemplo, de fármacos para enfermos de Sida.
Una técnica de dinámica molecular permite simular de manera muy realista cómo se mueve esta proteasa en un ámbito acuoso. A partir de ahí, se prueba cómo encaja el fármaco. "Podemos probar en el superordenador millones de fármacos virtuales para ver si son candidatos a un tratamiento futuro de la enfermedad", explica Gómez-Puertas.
Los científicos pueden trabajar con dos bases de datos: una con millones de moléculas conocidas y otra con moléculas de fármacos aprobados y ya en el mercado. La primera opción no es válida en estos momentos porque vamos contrarreloj. Así que la clave ahora en la investigación mundial es probar con las moléculas de fármacos aprobados para ver cuál puede encajar en la proteasa y desactivar el virus.
"Estamos hablando de cálculos con centenares de miles de compuestos, de ahí la importancia del cribado computacional. Sería inabordable hacerlo solo con la experimentación en el laboratorio", dice por su parte Alfonso Valencia.
Una vez que se detectan posibles candidatos, como ya se está haciendo en distintos proyectos, es el turno de los investigadores de laboratorio para testar su validez. "Hay muchos consorcios del mundo trabajando en esto y existen grupos abordando pruebas experimentales", dice Valencia, quien destaca que los grupos computacionales como el Barcelona Supercomputing Center comparten sus avances con la comunidad internacional.
Por ejemplo, BSC trabaja con centros de varios países en un proyecto financiado por la Comunidad Europea, el EXSCALATE4CoV (E4C), centrado precisamente en el empleo de la supercomputación para el diseño inteligente de fármacos. Además, está presente en otros consorcios locales, por ejemplo con el Sida IrsiCaixa, que investiga vacunas.
ENTENDER LA EPIDEMIA
El BSC tiene otra línea de acción: ayudar a los investigadores a entender la epidemia desde el punto de vista del genoma, lo que requiere cálculos probabilísticos muy pesados que se pueden realizar gracias a la enorme potencia de cálculo del Mare Nostrum. Valencia explica que para los investigadores es clave entender cómo evoluciona el virus, cómo cambia o cómo se transmite entre especies para "prever futuros episodios".
Los proyectos computacionales que aborda la comunidad científica internacional en la batalla contra el coronavirus se suceden en todo el mundo. Por ejemplo, en Estados Unidos los investigadores del Laboratorio Nacional de Oak Ridge han podido simular 8.000 compuestos en cuestión de días. Si este procedimiento se hubiera desarrollado con un ordenador convencional, el proceso habría tardado meses. Utilizando Summit, los investigadores han identificado 77 moléculas pequeñas de compuestos de medicamentos que han demostrado tener potencial para dañar la capacidad de Covid-19 de atacar e infectar células huésped.
Summit es el superordenador más poderoso e inteligente del mundo, con un rendimiento pico de 200 petaflops, una potencia mayor que la de un millón de computadoras portátiles de alta gama. Esto le permite examinar miles y miles de variables, y crear modelos y simulaciones para ayudar a encontrar respuestas a los problemas más complejos del mundo.
Fuente: expansion.com

ESPAÑA. Gobierno prorroga el “estado de alarma” 15 días más para contener la expansión del coronavirus.

El Gobierno prorrogará el estado de alarma al menos 15 días así como el confinamiento de los ciudadanos y la restricción de movimientos.
Así se lo ha trasladado a los jefes de los ejecutivos autonómicos en la segunda videoconferencia que ha mantenido este domingo con motivo de la excepcional situación que atraviesa España.
Los presidentes autonómicos por su parte, le han reclamado más medios para luchar contra el coronavirus y algunos han planteado incluso la necesidad de recortar aún más la actividad productiva y de movilidad, en la línea adoptada ya por  Italia, para luchar contra la pandemia.  Para ampliar el estado de alarma, Pedro Sánchez  debe contar con el apoyo del Congreso.
El Pleno se ha convocado para el próximo miércoles. La prolongación del estado de alarma otros quince días más implica que el confinamiento se mantendrá al menos hasta el 11 de abril.
Tras la conversación telemática, Pedro Sánchez se dirigió de nuevo a los españoles en comparecencia pública para anunciar también que a partir de hoy todas las Comunidades Autónomas dispondrán de todas las residencias privadas de mayores para paliar la dramática situación por la que atraviesan, mejorar su nivel de vida y evitar los contagios.
Igualmente, el Gobierno ha decidido restringir todos los viajes desde terceros países, si bien la medida no incluye a los residentes españoles en la UE que quieran retornar a su lugar de residencia.
Las nuevas órdenes dictadas hoy por las autoridades delegadas incluyen una ampliación del papel de las Fuerzas Armadas  con el objetivo de que los militares realicen por "vía aérea y terrestre" el traslado de pacientes que lo requiera "a centros con recursos sanitarios disponibles" y puedan proteger también "infraestructuras críticas". También se implementará apoyo logístico para el transporte de material sanitario desde el extranjero y los militares repartirán productos farmacéuticos y alimentos a las personas mayores para evitar que salgan de su domicilio.
El jefe del Ejecutivo ya dejó claro en la rueda de prensa del sábado por la noche que "lo peor está por llegar" y que la próxima semana es clave, ya que aumentarán los casos de infectados así como el número de fallecimientos. Hasta ahora los infectados superan los 25.000 y España ya ha sumado más de un millar de muertes por Covd-19, según los datos de los servicios sanitarios.
"Los casos diagnosticados y fallecidos van a aumentar en los próximos días. Estamos en momento crítico y van a llegar días muy duros -afirmó Sánchez-. Nos tenemos que preparar desde el punto de vista psicológico. Tenemos que llegar al fin de la semana que viene muy fuertes".
Ante la falta de material sanitario del que se quejaron todas las Autonomías, Sánchez respondió que  el “contexto de mercado” para adquirir mascarillas es “muy difícil” y distribuirá 1,3 millones -500.000 quirúrgicas y 800.000 para pacientes- en las próximas horas y 4 millones en los próximos días. Admitió, eso sí, problemas de abastecimiento  en España y los enmarcó en un “contexto internacional de mercado muy difícil”. “El Gobierno de España está haciendo valer todo su peso. Hay muchos países intentando hacerse con esas mascarillas y el resto de material”, explicó en su comparecencia posterior  a la videoconferencia.
En general, todos los presidentes autonómicos han reclamado más medios para hacer frente a la crisis  y algunos de ellos han pedido ampliar las restricciones a la movilidad para que el frenazo de la curva de contagiados se produzca cuanto antes. También el cese de más actividad productiva lo han planteado algunos líderes regionales. Uno de ellos ha reclamado el cierre de los puertos y aeropuertos, como ha sucedido en Islas Baleares.
Fuente: eldiario.com

ESPAÑA. Radiografía por edades del coronavirus

El 95% de los fallecidos tiene más de 60 años, según los datos que publica por primera vez Sanidad
Desde que se inició la epidemia del coronavirus en China, se comprobó que el grupo más vulnerable es el de las personas mayores y/o con patologías previas. Los datos desagregados por edad en España, que publica por primera vez el Ministerio de Sanidad, lo confirman: el 95% de los muertos por Covid-19 tenían 60 años o más, aunque suponen menos de la mitad (el 47,8%) de los casos confirmados. El riesgo, expresado en la tasa de letalidad, se acentúa con cada década a partir de los 40 años, y también el número total de fallecidos. Así, el 67,2% de las víctimas mortales tenían más de 80 años, con una tasa de letalidad del 17,91%, el triple que la del total de España, que se sitúa en el 6%. Los datos, a fecha de este domingo 22, no incluyen todos los casos confirmados hasta la fecha, 28.572, sino solo los 18.959 casos notificados con información de edad, precisa Sanidad.


Ministerio de Sanidad. Datos obtenidos del análisis de 18.959 casos notificados con edades.

El grueso de estos casos se distribuyen bastante uniformemente, en torno a los 3.000 afectados, en cada una de las décadas a partir de los 40 años. Los datos muestran claramente la diferente gravedad con la que cursa la enfermedad según la edad. Así, los pacientes a partir de los 60 años suponen el 67,8% del total de los hospitalizados por coronavirus en España y el 68,3% de los ingresos en la UCI. Si se mira a partir de los 70, estos suponen el 49,7% de las hospitalizaciones y el 41,1% de los que necesitan cuidados intensivos.
Mientras, entre los niños y adolescentes, apenas hay casos detectados, lo que coincide con lo observado en China o Italia, los dos países que superan a España en número de casos y días de experiencia con el estallido de la epidemia. Sin embargo, la Organización Mundial de la Salud advirtió esta semana contra la creencia de que los jóvenes están totalmente a salvo. “Tenemos que ser muy cuidadosos con la idea de que este virus solo mata a la gente mayor. Es cierto que la gente joven es menos propensa a desarrollar una enfermedad grave, pero también hay un número significativo de jóvenes que han muerto”, dijo Michael J. Ryan, director ejecutivo de la OMS.
0 a 9 años
Entre los más pequeños, Sanidad tiene constancia de 129 casos, 34 de los cuales (el 26,3%) fueron hospitalizados. Solo uno requirió cuidados intensivos (el 0,8%), y ninguno ha fallecido.
10 a 19 años
En esta franja de edad que abarca a los niños mayores y a los adolescentes, se han registrado 221 contagios. Quince requirieron hospitalización (el 6,8%), ninguno en la UCI. Sin embargo, sí se produjo una muerte, lo que eleva la tasa de letalidad al 0,45%.
20 a 29 años
Aunque los datos indican que la enfermedad cursa de forma mucho más leve entre los jóvenes, a partir de los 20, el aumento de casos detectados se multiplica: 1.285, de los que 183 (el 14,2%) fueron ingresados en hospitales, ocho de ellos en la UCI (el 0,6%). Cuatro pacientes de este grupo murieron, una tasa de letalidad del 0,31%.
30 a 39 años
Las infecciones confirmadas entre los 30 y los 39 años casi se duplican respecto al tramo de 20 a 29 : 2.208, de los que 365 (el 16,5) requirieron hospitalización, 15 en la UCI (el 0,7%). Tres de los enfermos fallecieron, lo que supone una tasa de letalidad del 0,14%.
40 a 49 años
De los 2.919 positivos de 40 a 49 años, solo 663 (el 22%) tuvieron que ser ingresados, 40 (el 1,4%) en la UCI. Nueve de ellos murieron, es decir, una tasa de letalidad del 0,31%.
50 a 59 años
Entre los 50 y los 59 años, se han confirmado 3.129 casos, de los cuales 936 han sido hospitalizados (el 30%), 89 en cuidados intensivos (el 2,8%). 20 fallecieron, con una tasa de letalidad del 0,64%.
60 a 69 años
A partir de esta edad, aunque el número de casos es incluso menor, 2.916, las hospitalizaciones se disparan: 1.230 (el 42%), con 132 pacientes en la UCI (el 4,5%), y 63 muertos, es decir, una tasa de letalidad del 2,16%.
70 a 79 años
El segundo grupo de edad por riesgo en España registra 3.132 contagios, de los que más de la mitad (el 53,6%) 1.678 fueron ingresados, 165 de ellos en la UCI (el 5,3%), casi la misma cifra de fallecidos, 164. La tasa de letalidad en este grupo es del 5,24%.
A partir de 80 años
Los más afectados en España por la pandemia son los más ancianos. De los 3.020 casos notificados, 1.710 (el 56,6%) tuvieron que ser hospitalizados. Los datos muestran que la gran mayoría de los fallecidos, 541, no llegaron siquiera a ingresar en la UCI: solo lo hicieron 34 (el 1,1%). La tasa de letalidad es altísima, del 17,91%.
Fuente: elpais.com

ESPAÑA. El Partido Popular de Madrid presuntamente robó, según la Audiencia Nacional, 1,88 millones de euros en los siete hospitales en los que ahora faltan 608 camas.

Así lo sostiene el juez Manuel García-Castellón en un durísimo auto que explica el "desfalco" que los 'populares' habrían cometido.
Las UCI de los grandes hospitales de Madrid, donde hay casi 700 personas ingresadas por coronavirus, están al límite. La situación en la comunidad gobernada por el Partido Popular desde 1995 es tan complicada que la Unidad Militar de Emergencias (UME) se ha visto obligada a montar un hospital de campaña en el recinto ferial Ifema. Todo ello a pesar de que en la región permanecen cerradas instalaciones sanitarias como la Torre Cuatro del Infanta Sofía, el hospital ubicado en San Sebastián de los Reyes.
Pero el de San Sebastián de los Reyes no es el único hospital de Madrid que no se encuentra a pleno rendimiento en la crisis del coronavirus. Los siete hospitales que la Comunidad de Madrid levantó en la legislatura de 2003-2007 bajo el mando de Esperanza Aguirre tienen módulos cerrados a cal y canto, completamente inutilizados y que deberían albergar más camas hospitalarias desde hace tres años.
Según datos oficiales del Servicio Madrileño de Salud (SERMAS) recogidos también por 'El Confidencial', son cientos las camas que no están habilitadas pese a que deberían estarlo. En concreto, son 608 las camas que faltan en el Hospital del Tajo (Aranjuez), Hospital del Sureste (Arganda), Hospital del Henares (Coslada), Hospital Puerta de Hierro (Majadahonda), Hospital Infanta Cristina (Parla), Hospital Infanta Sofía (San Sebastian de los Reyes) y Hospital Infanta Leonor (Vallecas).
Se da la circunstancia de que la Audiencia Nacional considera que el PP de la Comunidad de Madrid utilizó la construción de estos siete hospitales para financiarse irregularmente. En concreto, el juez Manuel García-Castellón apunta a que entre 2004 y 2007 se produjo un desfalco en base a que el PP de Madrid impusiese la cláusula del 1% de mordida a toda empresa que quisiera conseguir los contratos de construcción o explotación de estos hospitales.
Asi, la cantidad total defraudada alcanzaría 1,88 millones de euros repartidos de la siguiente manera: Hospital del Tajo (138.017 euros), el Hospital del Sureste (152.906), el Hospital del Henares (258.297), el Hospital Puerta de Hierro (917.164), el Hospital Infanta Cristina (240.972), el Hospital Infanta Sofía (86.532) y el Hospital Infanta Leonor (89.394).
Cuadro. Dinero defraudado y número de camas que faltan por hospital. 

El auto del juez, emitido el 2 deseptiembre de 2019, explica en detalle la cláusula ideada indiciariamente por el exconsejero de Sanidad, Manuel Lamela, en connivencia con los altos mandatarios del Partido Popular de la Comunidad de Madrid, que obligaría a cada contratista a abonar, en concepto de publicidad de la obra, hasta un 1% del presupuesto de cada contrato, como mecanismo "para desviar fondos públicos a favor del partido".
Datos, hospital a hospital
  1. Hospital del Tajo, en Aranjuez: Faltan 28 camas. 138.017 euros de euros defraudados por el PP según la Audiencia Nacional.
  2. Hospital del Sureste, en Arganda: Faltan 18 camas. 152.906 de euros defraudados por el PP según la Audiencia Nacional.
  3. Hospital del Henares, en Coslada: Faltan 9 camas. 258.297 de euros defraudados por el PP según la Audiencia Nacional.
  4. Hospital Puerta de Hierro, en Majadahonda: Faltan 361 camas. 917.164 de euros defraudados por el PP según la Audiencia Nacional.
  5. Hospital Infanta Cristina, en Parla: Faltan 58 camas. 240.972 de euros defraudados por el PP según la Audiencia Nacional.
  6. Hospital Infanta Sofía, en San Sebastian de los Reyes: Faltan 79 camas. 86.532 de euros defraudados por el PP según la Audiencia Nacional.
  7. Hospital Infanta Leonor, en Vallecas: Faltan 55 camas. 89.394 de euros defraudados por el PP según la Audiencia Nacional.
Dedicado a los dirigentes del Partido Popular que gustan de obtener réditos políticos con los muertos que hay en España a consecuencia de la pandemia, que creo recordar que ni siquiera Franco se atrevió a manifestar semejante ignominia, cuando una epidemia de gripe asiática asoló España en 1958.
Fuente: elplural.com